Клінічними базами кафедри гігієни та соціальної медицини є 2 установи.
ДУ «Інститут охорони здоров'я дітей та підлітків НАМН України» – провідна установа Національної академії медичних наук України, відома своїм науковим і клінічним потенціалом далеко за межами України.
ДУ «Інститут охорони здоров`я дітей та підлітків Академії медичних наук України» був організований у жовтні 1922 р. у м. Харкові як перший Український державний інститут охорони материнства i дитинства (Наказ Народного Комісаріату охорони здоров`я України № 174 від 28.10.1922 р.). У 1965 р. заклад було реорганізовано у Харківський НДI охорони здоров'я дітей i підлітків імені Н. К. Крупської МОЗ України. З цього періоду Інститут є провідною науково-дослідною установою в Україні, яка координує наукові дослідження щодо проблеми «Охорона здоров’я дітей шкільного віку та підлітків», готує кадри вищої кваліфікації, видає методичні та інформаційні матеріали для впровадження в практику, проводить науково-практичні конференції і наукові симпозіуми з актуальних питань охорони здоров’я дітей та підлітків, забезпечує надання висококваліфікованої лікувально-консультативної допомоги дитячому та підлітковому населенню.
Комунальне підприємство «Санепідсервіс» Департаменту охорони здоров'я створене рішенням 20 сесії 6 скликання Харківської міської ради від 24.10.2012 № 910/12; є структурою Департаменту охорони здоров'я Харківської міської ради.
Основний вид діяльності підприємства – надання послуг юридичним та фізичним особам з проведення лабораторних досліджень у сфері забезпечення санітарно-епідемічного благополуччя населення, а саме бактеріологічних, паразитологічних, фізико-хімічних, радіологічних досліджень продуктів харчування і продовольчої сировини, питної води, атмосферного повітря, ґрунту, повітря робочої зони, факторів навколишнього та виробничого середовища, таких як іонізуюче і електромагнітне випромінювання, шум, вібрація, освітленість, параметри мікроклімату; біологічного матеріалу від людини для визначення наявності збудників інфекційних та паразитарних захворювань, чутливості до антибіотиків та ін.
Санітарно-гігієнічна і бактеріологічна лабораторії КП «Санепідсервіс» акредитовані ДП «Харківський регіональний науково-виробничий центр стандартизації, метрології, сертифікації». На підприємстві працюють висококваліфіковані фахівці, які мають багаторічний досвід роботи і відповідні кваліфікаційні категорії, наукові ступені. Лікарі-бактеріологи підприємства є членами Федерації європейських мікробіологічних товариств «FEMS»; товариства мікробіологів України імені С. М. Виноградського.
На клінічних базах проводяться лекційні, практичні та лабораторні заняття, відбувається формування практичних навичок і закріплення отриманих теоретичних знань. Члени студентських наукових гуртків кафедри беруть активну участь у наукових дослідженнях, які проходять на базі клінічних баз кафедри.