Студентське самоврядування та Студентська рада медичного факультету розпочали свою роботу одночасно з впровадженням студентського самоуправління Харківського національного університету імені В. Н. Каразіна.Значний внесок у розвиток студентського самоврядування на всіх етапах його діяльності зробив ректор університету В. С. Бакiров.
У 2006 році першим студентським деканом і головою Студентської ради медичного факультету як виконавчого і представницького органу студентського самоврядування факультету стала Наталія Юріївна Захарченко. Із її діяльністю пов'язаний доволі складний етап становлення студентського самоуправління як інституту громадського самоврядування університету.
У 2011 році, у зв'язку із завершенням навчання та припиненням повноважень Н. Ю. Захарченко, посаду голови студентського самоврядування та студентського декана зайняла Ірина Володимирівна Кабачна, яка продовжила розвиток студентського самоуправління та значною мірою розширила сферу його діяльності та повноваження.
У період з 2013 по 2015 рік Студентську раду факультету очолював студентський декан Катерина Едуардівна Морозова, з діяльністю якої пов’язаний стрімкий розвиток та істотний прогрес студентського самоврядування у всіх ініціативних сферах.
Із 2015 до середини 2016 року керівництво студентським самоврядуванням медичного факультету здійснювала студентський декан Анастасія Дмитрівна Узлова. Протягом цього часу студентське самоуправління факультету затвердило себе як організатора та учасника значної кількості різноманітних заходів високого рівня, про які відомо й за межами факультету і університету.
Із другої половини 2016 року до листопада 2018 студентське самоврядування на медичному факультеті очолювала Ксенія Борисівна Романовська.
Із листопада 2018 до жовтня 2020 року керівництво студентським самоврядуванням медичного факультету здійснювала студентський декан Анастасія Сергіївна Андрієнко.
З жовтня 2020 року до теперішнього часу студентське самоврядування на медичному факультеті очолює Ірина Вячеславівна Слободянюк.
Варто зазначити, що, з моменту організації студентського самоврядування як медичного факультету, так і університету в цілому, й до теперішнього часу, його коло завдань та повноважень суттєво змінилися. Так, протягом розвитку самоуправління до його безпосередніх задач додалися контроль дотримання правил і норм навчального процесу, культурна та благодійна діяльність, організація і реалізація студентських програм обміну тощо.
На даному етапі розвитку студентське самоврядування та Студентська рада медичного факультету вирішують завдання, серед яких можна виділити кілька найбільш вагомих напрямків діяльності, а саме: