Клінічною базою кафедри хірургічних хвороб є одна з провідних установ системи охорони здоров'я України, відоме своїм науковим і клінічним потенціалом далеко за межами України – Харківська клінічна лікарня на залізничному транспорті № 2 Філії “Центр охорони здоров’я” АТ “Укрзалізниця”.
На клінічній базі проводяться лекційні, практичні та лабораторні заняття, клінічні розбори за участю студентів, відбувається формування практичних навичок і закріплення отриманих теоретичних знань. Члени студентських наукових гуртків кафедри беруть активну участь у наукових дослідженнях, які проходять на клінічній базі кафедри.
За рік співробітники кафедри лікують близько 2000 хворих, виконують близько 1500 оперативних утручань, консультують більше 500 пацієнтів в різних відділеннях клініки.
Щонеділі завідувач кафедри, професори і доценти виконують обходи в хірургічному відділенні клініки, щоденно проводяться клінічні розбори хворих, яким плануються оперативні втручання і яких оперували напередодні.
Професори і доценти кафедри хірургічних хвороб несуть щомісячні чергування в якості консультантів, також вони є кураторами відділень. Асистенти кафедри чергують в клініці в якості старших чергових хірургів і виконують обсяг лікувальної роботи, який передбачений положенням про клінічну лікарню.
Співробітники кафедри розробляють і впроваджують в клінічну практику нові методи діагностики і лікування з використанням сучасних малоінвазивних технологій.