Однією з перших на факультеті фундаментальної медицини була створена кафедра хірургічних хвороб. Датою її народження слід вважати 23 лютого 1994, коли був виданий наказ по університету про створення кафедри зі штатом із 4 співробітників. Її очолив доктор медичних наук професор Євген Дмитрович Хворостов. В даний час склад кафедри збільшився в кілька разів. Всі співробітники кафедри мають вчені ступені кандидатів і докторів медичних наук.
Невід'ємною частиною роботи кафедри, є науково-методична діяльність. Результати досліджень опубліковані у великій кількості журнальних статей, монографій, методичних рекомендацій для лікарів і студентів, патентів на винахід. На кафедрі з успіхом проходить захист кандидатських і докторських дисертацій.
Основна наукова тематика роботи кафедри – «Нові технології в хірургічній гастроентерології».
За основною науковою тематикою виконуються наступні науково-дослідні роботи: «Розробка мініінвазивних оперативних утручань з використанням низьких температур у лікуванні хворих на жовчнокам'яну хворобу і виразкову хворобу шлунку і дванадцятипалої кишки», «Нові технології в комплексному лікуванні цукрового діабету та його ускладнень», «Комплексне лікування хворих на рак ободової і прямої кишок», «Вивчення дії фізичних методів і морфофункційного стану судин, тканин шлунку, тонкого і товстого кишечника при їх дисекції і коагуляції в хірургії шлунково-кишкового тракту», «Розробка мініінвазивних методів лікування рідинних утворень паренхіматозних органів і черевної порожнини в планової та невідкладної хірургії».
Співробітники кафедри є дійсними членами українських та багатьох міжнародних асоціацій.
Для студентів на кафедрі викладають дисципліни: «Загальна хірургія», «Хірургічні хвороби», «Судинна хірургія», «Онкологія», «Дитяча хірургія», «Урологія», «Травматологія та ортопедія», «Офтальмологія», «Анестезіологія», «Екстрена та невідкладна медична допомога», «Військова хірургія», «Невідкладні стани», «Військово-польова хірургія», «ЛОР-хвороби».
Вдосконалення своїх знань з хірургії студенти здійснюють в хірургічному гуртку, виступаючи з доповідями на конференціях різного рівня, займаючи призові місця.
У навчальному процесі використовуються клінічні та діагностичні відділення клінічної бази, якою є ХКЛ ЗТ №2 Філії ЦОЗ АТ «Укрзалізниця».