Клінічними базами кафедри інфекційних хвороб та клінічної імунології є провідні заклади системи охорони здоров’я України, відомі своїм науковим та клінічним потенціалом далеко за межами України:
1) ДУ «Інститут мікробіології та імунології ім. І.І. Мечникова НАМН України»
2) Обласна інфекційна лікарня
3) Обласна дитяча клінічна лікарня
4) Областна туберкулезна лікарня №3
5) КЗОЗ Міський клінічний шкірно-венерологічний диспансер №1
6) Інститут трихології
На клінічних базах проводяться лекційні, практичні та лабораторні заняття, клінічні розбори з участю студентів, відбувається формування практичних навичок та закріплення отриманих теоретичних знань. Члени студентських наукових гуртків кафедри приймають активну участь у наукових дослідженнях, що проходять на клінічних базах кафедри.
Клінічна робота кафедри інфекційних хвороб та клінічної імунології проводиться співробітниками кафедри на клінічних базах із залученням студентів під час вивчення відповідних дисциплін.