Клінічними базами кафедри педіатрії є провідні заклади системи охорони здоров’я м. Харкова: ДУ «Інститут охорони здоров’я дітей та підлітків НАМН України», обласна дитяча інфекційна клінічна лікарня, КУ «Міська дитяча клінічна лікарня № 24», 23-я міська дитяча поліклініка.
На клінічних базах проводяться лекційні, практичні заняття, клінічні розбори з участю студентів, формуються та закріплюються практичні навички роботи студентів з хворими дітьми.