Сучасна наукова та педагогічна діяльність медичного факультету має міцні історичні корені. Корені факультету – це корені Університету. Харківський університет, який з 1999 року має статус національного та носить ім'я його засновника – Василя Назаровича Каразіна, відноситься до найстаріших, сильніших та славетних університетів України. Університет став колискою багатьох всесвітньо відомих наукових шкіл, якими могли би пишатися найпрестижніші навчальні заклади світу. Випускники та співробітники Університету – гордість вищої школи України. Це лауреати Нобелівської премії Л. Д. Ландау, І. І. Мечников та Саймон Кузнець, почесні члени та доктори Університету І. В. Гете, О. Гумбольд, Л. Толстой, І. Франко, П. П. Семенов-Тян-Шанський та численні інші.
При відкритті Імператорського Харківського університету, яке відбулося 29 січня 1805 року, серед утворених факультетів був й медичний. Медичний факультет у складі Університету існував до 1920 року, надавши світу великих вчених-медиків та відомих лікарів: терапевта Д. Ф. Лямбля, хірургів П. М. Шумлянського, В. Ф, Грубе та М. П. Трінклера, акушера І. П. Лазаревича, офтальмолога Л. Л. Гіршмана, фізіолога В. Я. Данілевського та багатьох інших.
У 1920 році були закриті всі університети, а на їх місці виникли численні роздроблені спеціалізовані заклади вищої освіти. З того моменту перестав існувати й медичний факультет Каразінського університету. У 1934 році Харківський університет відродився, але вже без медичного факультету.
Лише з часів набуття Україною незалежності та її демократичного відродження стало можливим відтворення загальноприйнятої цивілізованим світом класичної університетської вищої медичної освіти. 20 листопада 1992 року Міністерство освіти України Наказом № 185 доручило Університету відновити підготовку спеціалістів у сфері медицини з наданням їм права на лікувальну діяльність. Так, у березні 1993 року в Університеті урочисто був відкритий факультет фундаментальної медицини.
Факультет розмістився у будівлі на проспекті Леніна, 20, по сусідству з Університетським ліцеєм, де й працював до 2004 року.
У 2004 році факультет було переміщено у Північний корпус Каразінського університету на площі Свободи (колишня будівля Військової інженерної радіотехнічної академії протиповітряної оборони імені Л. А. Говорова), який розташований у самому серці Харкова. У теперішній час факультет займає два поверхи Північного корпусу, маючи все необхідне для надання медичної освіти своїм студентам на найвищому рівні згідно з світовими стандартами.
Відродження факультету та непрості перші роки його існування після відродження пройшли успішно завдяки надзвичайній працездатності та цілеспрямованості першого декану факультету фундаментальної медицини – доктора медичних наук, професора Яблучанського Миколи Івановича. Його ентузіазм та прагнення доказати ефективність університетської медичної освіти зробили факультет за кілька років одним з провідних медичних вищих навчальних закладів України, високі показники діяльності та якості освіти якого стали відомі далеко за межами нашої держави.
Розуміючи незаперечні переваги класичної університетської освіти й високо оцінюючи його перспективи, провідні харківські вчені та клініцисти приєдналися до першого декану факультету, очоливши кафедри й зайнявши місця викладачів.
З перших років існування факультет фундаментальної медицини зарекомендував себе як один з найсильніших в Україні, що відразу же оцінили абітурієнти, обираючи факультет майбутнім місцем отримання вищої медичної освіти. Очевидні переваги класичної університетської освіти дали чудові практичні результати, тому кількість студентів щорічно зростала й досягла у теперішній час 5000 осіб, в тому числі 4000 – іноземних. Випускники факультету, кількість яких на цей час вимірюється тисячами, зарекомендували себе як прекрасні клініцисти та талановиті вчені не тільки у межах України, але й у Канаді, США, Франції, Великобританії, Німеччині, Угорщині та інших країнах.
За роки свого існування факультет став не тільки потужним медичним вищим навчальним закладом, але й одним з провідних наукових центрів. Наукові праці співробітників факультету, які у більшості представлені міждисциплінарними дослідженнями та науковими інноваціями на стику наук, отримали всеукраїнське та світове визнання. За роки існування співробітники факультету опублікували декілька тисяч наукових праць та підготували сотні підручників, навчальних та навчально-методичних посібників. На теперішній час наукова активність продовжує зростати, а результати робіт науково-педагогічних працівників факультету публікуються у закордонних та вітчизняних спеціалізованих виданнях.
З перших років існування відродженого факультету за ініціативою декана М. І. Яблучанського почало роботу Студентське наукове товариство, у склад якого увійшли наукові гуртки окремих кафедр та адміністрація, яке було перейменоване у 2014 році у Наукове товариство студентів, аспірантів, докторантів та молодих вчених медичного факультету Харківського національного університету імені В. Н. Каразіна. За роки існування членами Наукового товариства проведено 12 конференцій з міжнародною участю, опубліковано більше 150 статей та тез, встановлені тісні наукові контакти з науковими товариствами багатьох медичних вищих навчальних закладів України, близького та дальнього зарубіжжя.
За ініціативою Наукового товариства проведено десятки соціальних та медико-профілактичних акцій. Ведеться тісна співпраця з Міжнародною федерацією асоціацій студентів-медиків IFMSA. Члени Наукового товариства входять до складу Всеукраїнської асоціації студентів-медиків UMSA. Студенти Наукового товариства разом із викладачами факультету є співвиконавцями програми Університету «Здоров’я студентів».
З 1992 року на факультеті видається журнал «School of Fundamental Medicine Journal», що у 2002 році реорганізовано у «Вісник Харківського національного університету імені В. Н. Каразіна» серія «Медицина», який входить до переліку спеціалізованих фахових видань Державної атестаційної комісії України та до зарубіжних науковометричних баз. З 2012 року журнал друкується англійською мовою, є визнаним та користується популярністю серед практикуючих лікарів та вчених-медиків далеко за межами України.
З 2014 року на факультеті видається міжнародний науково-практичний журнал «Психіатрія, неврологія та медична психологія», який входить до переліку рекомендованих фахових видань Державної атестаційної комісії України, а також включений до науковометричних баз Index Copernicus International та РІНЦ. У журналі публікуються проблемні статті, результати оригінальних та експериментальних досліджень, статті оглядового, дискусійного та історичного характеру, стислі повідомлення, лекції, рецензії, описуються випадки із практики, роботи з питань викладання нейронаук та інші матеріали.
У 2008 році факультет отримав свою історично вірну назву та до цього часу гордо носить ім'я медичного факультету Каразінського університету.
У період з 2008 по 2016 роки факультет очолював кандидат медичних наук, професор Віктор Миколайович Савченко, з невтомною працею якого був пов'язаний суттєвий прогрес факультету у всіх сферах його діяльності.
З 2016 року керував медичним факультетом доктор медичних наук, професор Ігор Вікторович Белозьоров.
З 2009 року на факультеті проводиться навчання англійською мовою. Кількість студентів, які отримували медичну освіту англійською мовою, перевищувала 4000 осіб.
На сучасному етапі свого розвитку медичний факультет Харківського національного університету імені В.Н.Каразіна являє собою один з найпотужніших медичних вищих навчальних закладів й отримав визнання не тільки в Україні, але й за її межами.
З 2022 року очолює медичний факультет доктор медичних наук, професор Лядова Тетяна Іванівна, автор понад 110 наукових статей, 80 тез, 4 патентів, 3 нововведень, 10 навчальних посібників, 25 методичних рекомендацій, організатор та учасник науково-практичних конференцій, пленумів. Тематика цих наукових здобутків - інфекційні хвороби, епідеміологія, клінічна паразитологія та тропічна медицина, імунодіагностика, лікування герпесвірусних інфекцій та вірусних гепатитів тощо.