Наукова робота медичного факультету Харківського національного університету імені В. Н. Каразіна є невід’ємною частиною його діяльності. Науково-педагогічні співробітники медичного факультету завдяки своїм дослідженням вважаються провідними спеціалістами у своїх галузях медичної науки не тільки на території України, але й за її межами.
За роки свого існування факультет став не тільки потужним медичним вищим навчальним закладом, але й одним з провідних наукових центрів. Наукові праці співробітників факультету у більшості представлені міждисциплінарними дослідженнями та науковими інноваціями, що отримали всеукраїнське та світове визнання. За роки існування співробітники факультету опублікували декілька тисяч наукових праць та підготували сотні підручників і навчальних та навчально-методичних посібників. На теперішній час наукова активність продовжує зростати, результати робіт науково-педагогічних працівників факультету публікуються у закордонних та вітчизняних спеціалізованих виданнях, в тому числі виданнях які індексуються у науково-метричних базах Scopus та WebofScience.
Щорічно співробітники факультету є організаторами та учасниками міжнародних конференцій в Каразінському університеті, Україні та за кордоном.Науково-педагогічні колективи кафедр - співвиконавці низки міжнародних наукових досліджень у сфері неврології, терапії, кардіології, педіатрії, хірургії тощо.
На теперішній час ліцензовано навчання на третьому освітньо-науковому рівні вищої освіти за спеціальністю 222 «Медицина» на здобуття ступеня доктора філософії. А у 2019 роцістворено спеціалізовану вчену раду Д 64.051.33 Харківського національного університету імені В. Н. Каразіна з правом прийняття до розгляду та проведення захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) наук за спеціальностями 14.01.03 – хірургія, 14.01.02 – внутрішні хвороби та 14.03.08 – імунологія та алергологія (медичні науки).
Силами співробітників медичного факультету видаються наукові журнали: Вісник Харківського національного університету, серія «Медицина», «Актуальні проблеми сучасної медицини», «Психіатрія, неврологія та медична психологія», які входять майже до десяти міжнародних наукометричних баз.